Добрый вечер Алексей48. Вопрос очень правильный, такие ситуации встречались. Хорошо бы фото... но попробую и без него

Под деревянным подоконником скорее всего находится батарея отопления...

И скорее всего на лето это отопление выключают...

А для дерева и агломерата подобные изменения температуры, опять же - скорее всего приведут к линейным изменениям материала, т.е. изменению зазора между ними... В этом случае Вам предпочтительней использовать мастики, которые после кристаллизации остаются эластичными и в то же время обладают высокой адгезией ( прилипанием) к дереву и агломерату. Таких мастик множество, обычно для этих целей использую Akepox 3000 от Akemi, он неплохо колеруется, и достаточно быстро "схватывается" и остаётся пластичным после кристаллизации.
Как альтернативный вариант, можно предложить Заказчику заполнить шов пробковой лентой или полосой из цветного металла (раскладкой).
С Уважением, Игорь.