тут от заказчика зависит
Я бы поставил в известность и пусть он сам принимает решение.
Главное, что бы после всех работ не было претензий, что лестница собрана не качественно. Любой независимый эксперт выдаст заключение, что ступени на разной высоте и аргумент про основание не пройдет.
Хотя, может я просто жути нагоняю

))
2-3 мм - это решается шлифовкой основания или просто сетку снять с камня - это проще, чем подступенки калибровать.
5 мм - по мне много, но можно и перфом сбить